Фамилия Бужакова — женская форма фамилии Бужаков, и её разумнее анализировать через мужской вариант. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Бужак. В русской ономастике слово «бужак» имеет два основных объяснения, и оба ведут в южные регионы.

Первая версия связывает прозвище с диалектным «бужать» — кричать, реветь, издавать громкие звуки. Бужаком могли прозвать крикливого человека, громогласного запевалу или, наоборот, капризного ребёнка. Вторая, более конкретная версия — «бужак» как название жителя города Буга (современный Буг в Польше или село Буг в Рязанской области). Формант -ак в русских фамилиях часто указывал на принадлежность к местности: «бужанин» → «бужак» по аналогии с «пермяк», «сибиряк». В этом случае фамилия могла означать «выходец из Буга» или «живущий на реке Буг».

Суффикс -ов в фамилии Бужаков — стандартный патронимический, указывающий на «сына Бужака». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и встречается в основном в южнорусских и украинских губерниях, особенно в бывшей Харьковской и Полтавской областях. В дореволюционных записях фамилия могла писаться через «о» — Божаков, что иногда путают с производными от «божий», но корень здесь другой.

Редкая особенность фамилии — её возможная связь с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках «бужа» означает «лёд» или «холод», и Бужаком могли прозвать человека с холодным нравом. Однако для русской фамилии это менее вероятно, чем славянские версии, хотя полностью исключать влияние соседних культур не стоит.

В целом, Бужакова — фамилия с прозрачной, но не единственной этимологией, и её носители почти наверняка происходят из крестьянской среды юга России или Украины, где прозвище было связано либо с характером, либо с местом жительства.