Фамилия Чалыкова — женская форма фамилии Чалыков. Исходная мужская фамилия образована от прозвища или нецерковного имени Чалык. В русской ономастике это типичная патронимическая модель с суффиксом -ов, указывающая на принадлежность: «чей?» — Чалыков, то есть сын Чалыка.

Корень «чал» в русских говорах имеет несколько значений, и это создает простор для версий. Самая прямая и распространенная — от тюркского «чал» (седой, сивый). В тюркских языках так могли назвать человека с сединой в волосах или с очень светлыми, почти белыми волосами. Прозвище Чалык в этом случае означало «седой» или «сивый», как масть лошади. Такое прозвище давали либо пожилому человеку, либо, наоборот, светловолосому ребенку.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «чалить» (цеплять, привязывать). В некоторых диалектах «чалык» могло означать причал, веревку или даже рыбацкую снасть. Тогда прозвище мог получить рыбак или человек, занимавшийся переправой через реку. Однако эта версия слабее: суффикс -ык в прозвищах чаще указывает на качество, а не на орудие труда.

Суффикс -ов в фамилии Чалыков указывает на её формирование в центральной и северной частях России, где эта модель была основной. В южных и восточных регионах чаще встречается форма Чалыкин (с суффиксом -ин). Сама фамилия нечастая, её носители разбросаны по разным регионам, что говорит об отсутствии единого родового гнезда — скорее, прозвище возникало в разных местах независимо.

Таким образом, предок носителей фамилии Чалыков, скорее всего, был человеком с заметной внешней приметой — сединой или светлыми волосами. Фамилия сохранила эту примету в неизменном виде уже несколько веков.