Фамилия Чаплинкий — довольно редкий случай, когда написание идёт вразрез с привычной логикой. Вероятнее всего, перед нами искажённая форма фамилии Чаплинский, где суффикс -ский, указывающий на происхождение от географического названия или шляхетское (дворянское) происхождение в польской традиции, упростился до -кий. В русском языке такое усечение встречается в диалектах или при неграмотной записи в документах: человек мог называть себя «Чаплинский», а писарь записывал на слух «Чаплинкий», и так фамилия закреплялась.

Основа фамилии — «чапля». В польском, украинском и белорусском языках это слово означает «цапля». Прозвище Чапля могли дать человеку за длинные ноги, худощавость, привычку стоять на одной ноге или даже за характерную походку. В некоторых говорах «чапля» — это ещё и неуклюжий, медлительный человек, что тоже могло стать поводом для прозвища. Таким образом, Чаплинкий — это потомок человека по прозвищу Чапля, который жил в местности, названной Чаплино или Чаплин, либо получил фамилию по польской модели с суффиксом -ский.

Географически фамилия Чаплинкий тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современным Беларуси, Украине и восточной Польше. В России она встречается редко и часто является результатом миграции или той самой ошибки при переписи. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Чаплинский — более распространённая и «правильная» форма, а Чаплинкий — её диалектный или канцелярский вариант. Дворянские роды Чаплинских известны в польской шляхте, но в случае с написанием на «-кий» говорить о принадлежности к высшему сословию можно лишь с оговорками: скорее всего, предок был простым крестьянином или мещанином, чью фамилию записали на слух.