Фамилия Чаплыкина — это классический пример «матронима», то есть фамилии, образованной от женского имени или прозвища матери, а не отца. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Чаплыкина», то есть дочь, жена или вдова человека по имени или прозвищу Чаплыка. Однако исходная форма мужской фамилии — Чаплыкин, а в основе лежит прозвище Чаплыка.

Разбираем корень. Слово «чаплыка» в русских говорах имеет два основных значения. Первое — это цапля, болотная птица. В некоторых диалектах (например, в курских и орловских) цаплю звали именно «чаплей» или «чаплыгой». Второе, более вероятное для прозвища человека, — «чаплыка» могло означать неуклюжего, долговязого человека, который ходит вразвалку или переваливается, как цапля. Прозвище давали за внешность или походку. В словаре В. И. Даля зафиксирован глагол «чапать» — хватать, цапать, а также «чапля» — цапля. Таким образом, Чаплыка — это человек, напоминающий цаплю.

Вторая версия, менее распространённая, связывает «чаплыку» с глаголом «чапать» в значении «месить грязь», «брести по воде». Тогда прозвище могло относиться к человеку, который работает в болотистой местности, на сырой земле, например, к рыбаку или крестьянину, обрабатывающему пойменные луга. Эта версия слабее, так как от того же корня есть более ходовые прозвища (Чапай, Чапала), а «чаплыка» в этом значении редка.

Фамилия Чаплыкин (и женская форма Чаплыкина) — относительно редкая. Она не имеет дворянского происхождения и не встречается в родословных книгах. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в южнорусских областях, где диалектное слово «чапля» было в ходу. Географически она чаще встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях и на юге России. Интересно, что фамилия Чаплыгин (с другим суффиксом) гораздо более известна — её носил учёный-аэродинамик Сергей Чаплыгин, но Чаплыкины и Чаплыгины — не родственные фамилии, а образованные от разных прозвищных форм одного корня.