Фамилия Чаплышкина — женская форма фамилии Чаплышкин. В основе лежит прозвище Чаплышка. В русских говорах слово «чаплыжник» или «чапыжник» означало густой кустарник, колючий кустарник, заросли. Соответственно, Чаплышкой могли прозвать человека, жившего в такой местности, у чапыги, то есть у лесной чащи. Есть и другая версия: в рязанских и тамбовских говорах «чапля» — это цапля, а «чаплыжка» — уменьшительное от этой птицы. Тогда прозвище могли дать человеку с длинными ногами или характерной походкой.

Суффикс -к- в прозвище Чаплышка указывает на ласкательную или уменьшительную форму, что характерно для неофициальных имён в крестьянской среде. Сама фамилия образована по стандартной русской модели: от прозвища на -а/-я через притяжательный суффикс -ин, который указывал на принадлежность: «чей сын?» — «Чаплышкин сын», то есть сын Чаплышки. Со временем суффикс закрепился как фамильный.

Фамилия встречается преимущественно в центральных областях России — в Рязанской, Тамбовской, Воронежской губерниях. Это зона распространения так называемых «чаплыжных» говоров, где слово «чапыга» было в ходу. Встречаются однокоренные фамилии: Чаплыгин, Чаплин, Чаплыжников. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, что говорит о параллельном возникновении в разных сёлах или даже в одной местности от разных прозвищных форм.

Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — скорее всего, предки Чаплышкиных были государственными или помещичьими крестьянами, реже — однодворцами. В документах XVIII–XIX веков фамилия могла записываться через «о»: Чоплышкин, что отражает акающее произношение, характерное для южнорусских говоров.