Фамилия Чарая — редкий пример, где географический акцент важнее морфологического разбора. Она почти наверняка имеет грузинское происхождение и образована по типичной для Западной Грузии модели: основа + окончание -ия (в русской передаче -ия или -ая). В грузинском языке фамилии на -ия (Чараиа, Чарая) особенно распространены в Мегрелии и Гурии. Основа «чара» в грузинском означает «бык» или, в переносном смысле, «сильный, упрямый человек». Таким образом, Чарая — это «принадлежащий Чаре» или «потомок Чара», где Чара — прозвище силача или человека с бычьим нравом.

В русском контексте фамилия могла возникнуть при передаче грузинской фамилии Чараиа через делопроизводство: окончание -иа часто упрощали до -ая, чтобы вписать в привычную для славянского уха модель прилагательного. Версия о славянском корне «чар» (от «чары», колдовство) менее правдоподобна, так как в русской ономастике нет продуктивной модели образования фамилий на -ая от существительных женского рода. Суффикс -ая в русских фамилиях обычно указывает на притяжательное прилагательное (типа «бородатая»), но в таком случае основа должна быть ясным прозвищем, а «Чарая» без грузинского контекста остаётся тёмной.

Фамилия почти не встречается в исторических документах центральной России XVIII–XIX веков, что косвенно подтверждает её иноязычный корень. Носители фамилии Чарая — это, скорее всего, потомки выходцев из Грузии, которые могли оказаться в Российской империи после вхождения Грузии в состав государства в начале XIX века. Сословно они могли быть как крестьянами, так и дворянами (в грузинской традиции фамилии на -ия носили и князья, и простолюдины), но без конкретных генеалогических данных сказать точнее нельзя.