Фамилия Чарыгин образована по стандартной для русских фамилий модели — от основы с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Чарыгин, то есть сын или потомок Чарыги. Сама основа восходит к прозвищу или нецерковному имени Чарыга.

Корень здесь — «чар-», который в русских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное: «чарыга» — это в диалектах (особенно в северных и сибирских) старая, изношенная обувь, чаще всего лапоть или опорок. Прозвище Чарыга могли дать человеку, который ходил в рваной обуви, либо, с иронией, сапожнику, который такую обувь чинил. В переносном смысле словом «чарыга» могли назвать неопрятного или нерасторопного человека.

Менее распространённая версия связывает основу с глаголом «чарыжить» — то есть бездельничать, шататься праздно. В этом случае прозвище Чарыга закреплялось за ленивым гулякой. Третья, более редкая гипотеза, отсылает к тюркскому «чарык» (чирык) — вид кожаной обуви, но для русской фамилии это скорее случайное созвучие, чем прямой источник.

С точки зрения географии, фамилия Чарыгин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях, где диалектное слово «чарыга» было в ходу. Это указывает на крестьянское происхождение фамилии: предки Чарыгиных были, скорее всего, сельскими жителями, и прозвище закрепилось за кем-то из них по бытовой примете. В дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.

Таким образом, фамилия Чарыгин — прозвищная, бытовая, без пафосной истории. Её носитель в XVI–XVII веках — это, вероятно, крестьянин или ремесленник, получивший кличку по обуви или привычке, а его потомки уже стали Чарыгиными.