Фамилия Чехунина — женская форма фамилии Чехунин, а сама фамилия Чехунин образована от прозвища или имени Чехун. Вот тут и начинается самое интересное: в русских говорах слово «чехун» не имеет однозначного значения, и за него спорят сразу несколько версий.

Самая прямая и очевидная — от слова «чех» (житель Чехии или вообще западнославянских земель) с суффиксом -ун, который в русских фамилиях часто придаёт оттенок прозвища. То есть Чехун — это «тот, кто похож на чеха» или «выходец из Чехии». Но есть и второй вариант, более бытовой: в диалектах «чехун» могли называть человека, который постоянно чешет, скребёт что-то, или, что ближе к реальности, — зануду, «чесуна» (от глагола «чесать» в переносном смысле — болтать без умолку). В словаре Даля «чехун» фиксируется как «чепуха, вздор», а «чехунить» — говорить пустое. Так что прозвище могло достаться болтуну или человеку с беспокойным характером.

Третья, менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза — от тюркского имени или прозвища. В татарском и башкирском языках есть слово «чэхун» (ударный, бойкий), которое могло попасть в русскую среду через контакты на юге и востоке. Однако для фамилии Чехунин, судя по географии её бытования (преимущественно центральные и северные области России), славянский корень выглядит убедительнее.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: основа Чехун + суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Чехунин сын). Это типичная модель для русских фамилий от прозвищ и имён, оканчивающихся на согласный. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков людей с именами на -о, -а, -я, суффикс -ин в XVII–XIX веках был распространён в северных и центральных губерниях, что косвенно подтверждает русскую, а не южную или западную природу фамилии.

Встречается и вариант написания с двумя «н» — Чехуннин, но это скорее опечатка или результат народной этимологии (путаница с суффиксом -инн, который в русских фамилиях редок). В метрических книгах XIX века фамилия Чехунин фиксируется в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях — в основном среди крестьян и мещан. Дворянской ветви не обнаружено: фамилия не попала в родословные книги, а значит, её носители — потомки людей, получивших прозвище за характер, занятие или внешность, а не за происхождение.