Фамилия Чехунин — редкий образец русской фамилии, образованной не от имени, а от прозвища, которое звучит как «Чехуня». В центре внимания здесь суффикс -ин, указывающий на принадлежность: Чехунин буквально означает «сын Чехуни» или «человек из рода Чехуни». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же распространены, как и на -ов.

Прозвище Чехуня, скорее всего, связано с диалектным словом «чехун» или «чехонь». В русских говорах так могли называть человека с характерной внешностью или поведением: чехонь — это рыба с узким, вытянутым телом, поэтому прозвище могло достаться худому, долговязому человеку. Вторая версия отсылает к глаголу «чехать» (бить, хлестать) или «чехвостить» (бранить, ругать). Тогда Чехуня — либо драчун, задира, либо, наоборот, тот, кто постоянно ворчит и ругается. Третья, менее вероятная, гипотеза связывает прозвище с этнонимом «чех»: предка могли прозвать Чехом за связь с чешскими землями, а уменьшительная форма Чехуня закрепилась в быту.

Фамилия встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждается данными переписей XIX века. В метрических книгах Нижегородской, Костромской и Владимирской губерний фамилия Чехунин фиксируется у крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это однозначно фамилия простого сословия, где прозвище давалось по внешнему признаку или поведению, без связи с официальным крестильным именем.

Примечательно, что фамилия Чехунин не имеет однокоренных аналогов в масштабных фамильных системах, в отличие от, скажем, Чехов или Чехонин. Это говорит о том, что прозвище Чехуня было локальным, узкотерриториальным. В современных справочниках фамилия числится как редкая, но не исчезающая — её носители живут в основном в Ивановской, Владимирской и Нижегородской областях.