Фамилия Чечунин — из числа тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. Её основа — «чечуня» или «чечун». В русских говорах, особенно в северных и сибирских, «чечуня» — прозвище для человека с причудами, чудака, а то и просто неопрятного, несуразного. Слово родственно диалектному «чечулить» — делать что-то неловко, небрежно. В ономастическом словаре Б. Унбегауна эта фамилия не упомянута, но модель прозвищ от глаголов с суффиксом -ун- (ср. «болтун», «крикун») здесь очевидна: «чечун» — тот, кто «чечулит», то есть действует неуклюже или чудит.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Чечунин», то есть сын или потомок Чечуна. Это типичная русская патронимическая модель, но не от имени, а от прозвища. В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на согласный, -ин характерен для основ на -а/-я. Поэтому Чечунин — не от мужского имени Чечун, а от прозвища Чечуня (форма на -я), которая в родительном падеже даёт «Чечунин». Встречается и вариант Чечунов — от той же основы, но через модель на -ов, что говорит о параллельном бытовании прозвища в разных формах.

Географически фамилия редкая, но её следы прослеживаются в старых переписях Вятской и Пермской губерний — как раз в зоне, где диалектная лексика сохранялась дольше. В «Ономастиконе» С. Веселовского есть упоминание Чечуна — новгородского крестьянина XVI века, что подтверждает древность прозвища. Так что предки носителей Чечуниных, скорее всего, были не знатными людьми, а крестьянами или посадскими, которым дали меткое бытовое прозвище — за манеру поведения или внешний вид.

В современном употреблении фамилия встречается редко, и это как раз тот случай, когда редкое слово не даёт однозначной трактовки: возможно, «чечуня» могло означать и что-то другое в местных говорах, но основная версия — чудаковатый или неловкий человек.