Фамилия Чебунин восходит к прозвищу Чебуня, которое образовано от аналогичного нарицательного. Чебун (в акающих говорах — чабун) — это «денежный кошель, мошна из оленины». Чебуней, например, могли прозвать того, кто собирал подати с людей или состоятельного, властного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чебуня, со временем получил фамилию Чебунин.