Фамилия Чербунин образована от прозвища Чербуня, которое восходит к слову «щерба». Так в Древней Руси называли человека, лишенного одного или нескольких передних зубов, а также перенесшего оспу. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Чербуня образовано от слова «щербак» в значении «стяжатель, хапуга»; в костромских говорах это слово имело значение «одноконный извозчик»; в нижегородских говорах «щербить» означало «присваивать всеми неправдами чужое». Прозвище Чербуня могло образоваться и от глагола «щербачить», который в Новгороде означал «задориться и браниться». Такми образом, прозвище Чербуня указывало как на род деятельности предка, так и на черты его характера. Чередование согласных щ/ч объясняется историческими изменениями, происходившими в ходе равития языка, либо влиянием говоров. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чербуня, со временем получил фамилию Чербунин.