Фамилия Чербуина — редкая и звучит не по-русски. Если отбросить типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Чербуин), то основа «Чербу» почти наверняка не славянская, а тюркская или кавказская. В русском языке слово «чербу» не имеет значения, и фамилия явно не от ремесла или внешности.

Наиболее вероятная версия — фамилия ведет начало от тюркского прозвища «Чербу» (или «Чербуй»). В тюркских языках, особенно в ногайском, кумыкском или карачаево-балкарском, есть основа «чер» (земля, грязь, или в переносном смысле — смуглый, темный) и «бу» (этот, тот). Но есть и другая, более конкретная параллель: у народов Северного Кавказа и Поволжья слово «чербу» могло означать «пестрый», «рябой» или относиться к масти скота (например, пегая лошадь). Прозвище могли дать человеку с рябым лицом от оспы или с необычной, пегой внешностью.

Суффикс -ин в фамилии — русское грамматическое оформление. Когда носитель тюркского прозвища Чербу попадал в русскоязычную среду (при переписи, в казачьи списки, при крещении), его записывали по отчеству или по прозвищу с русским окончанием: «Чербуин сын» — со временем закрепилось Чербуин. Окончание -а в современном варианте Чербуина — это женская форма, которая закрепилась в документах и в быту как фамилия для женщин, но исторически мужской предок звался Чербуин.

Географически фамилия могла возникнуть в зонах активного контакта русских с тюркскими народами: в казачьих областях (Кубань, Терек, Дон), в Астраханской губернии или в Сибири, куда переселялись татары и ногайцы. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного прозвища, а не от массового рода занятий.

Версия о происхождении от румынского или молдавского «чербу» (cerb — олень) маловероятна: в молдавских фамилиях обычно сохраняется основа Cerbu без русского суффикса -ин, и они не переходят в форму на -ина. Так что тюркский след — основной.