Прозвище Чербуня восходит к слову «щерба». Так в Древней Руси называли человека, лишенного одного или нескольких передних зубов, а также перенесшего оспу. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Чербуня образовано от слова «щербак» в значении «стяжатель, хапуга», в костромских говорах это слово имело значение «одноконный извозчик»; в нижегородских говорах «щербить» означало «присваивать всеми неправдами чужое». Прозвище Чербуня могло образоваться и от глагола «щербачить», что в Новгороде означало «задориться и браниться». Чередование согласных щ/ч объясняется историческими изменениями, либо влиянием говоров. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чербуня, со временем получил фамилию Чербунина.