Фамилия Чешунина образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. Она отвечает на вопрос «чей?» и обычно происходит от имени или прозвища отца: Чешуна — жена Чешуни, дочь Чешуни. Основа здесь — «чешу-», что сразу отсылает к слову «чешуя».

Самое прямое объяснение прозвища Чешуна — человек с кожным заболеванием, при котором кожа шелушится, напоминая рыбью чешую. В народной медицине это называли «чешуйчатым лишаем» или просто «чешуёй». Прозвище давали не в обиду, а как внешний признак — по аналогии с другими «телесными» прозвищами (Горбун, Косой, Шелудяк). Вторая, менее очевидная версия: Чешуной могли назвать рыбака или торговца рыбой, который постоянно имел дело с чешуёй. В говорах, особенно северных и сибирских, слово «чешуйник» означало мелкую рыбу или место, где её чистят. Рыбный промысел был делом обычным, и прозвище могло закрепиться за человеком, который «пропах чешуёй».

Интересно, что фамилия Чешунин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Это подтверждает связь с рыбным промыслом, который там был развит, и с местными говорами, где сохранились старые прозвищные формы. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Чешуниных в писцовых книгах, но массового распространения фамилия не получила — она осталась редкой, что типично для прозвищ, образованных от конкретной и не всегда приятной приметы.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на отчество или принадлежность, а основа почти не изменилась со времён прозвища. Варианта Чешунов (с суффиксом -ов) практически не встречается — это говорит о том, что прозвище Чешуна было не патронимическим (от личного имени), а чисто бытовым, и закрепилось в той форме, которая естественна для женского рода: «Чья дочь? — Чешунина». Так что предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или рыбаки, получившие прозвище по внешнему виду или роду занятий. Никаких дворянских корней или громких исторических личностей за этой фамилией не числится — это простая, живая фамилия, которая говорит о человеке прямо, без прикрас.