Фамилия Чеконина — женская форма от мужской Чеконин, и её разбор сразу выдаёт редкую словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Чеконин, то есть сын или потомок Чекони. А вот основа «Чеконя» — это неканоническое прозвище, которое могло возникнуть из нескольких источников.

Самая вероятная версия — от диалектного глагола «чеконить» или «чеканить». В северных и сибирских говорах «чеконить» значило «стучать, отбивать, делать резкие движения». Прозвище Чеконя могли дать человеку с быстрой, отрывистой походкой или тому, кто работал молотом — кузнецу, плотнику, бондарю. В этом случае фамилия уходит корнями в ремесленную среду или бытовую характеристику.

Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с тюркским «чекен» — «козлёнок» или «детёныш». В пограничных с тюркским миром регионах такое прозвище могло получить живое, подвижное дитя. Но для фамилии Чеконина эта гипотеза слабее, потому что в русских говорах слово «чеконя» нигде не фиксируется как заимствование — скорее, это исконное звукоподражательное образование.

Географически фамилия Чеконина встречается редко, в основном в центральных областях России — в Костромской, Ярославской, Ивановской областях. Это указывает на корни в северо-восточных землях, где диалектная лексика хорошо сохраняла старые прозвища. Суффикс -ин, а не -ов, типичен для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (как Пушкин, Кваснин, Ширяев), и подчёркивает, что основа — личное имя или прозвище, а не профессия в чистом виде.

Таким образом, носительница фамилии Чеконина с высокой долей вероятности происходит от предка, которого в быту звали Чеконя — скорее всего, за манеру двигаться или за ремесло, связанное с ударной работой. Фамилия не имеет отношения к дворянству или известным родам, но хранит память о конкретном человеке, чья характерная черта или занятие дали начало целому семейному имени.