Фамилия Чемуртан — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или поведением. Слово «чемуртан» или близкие к нему формы встречаются в тюркских языках, где «чему» или «чеме» может означать «кожа», «шкура», а «уртан» — производное от «урт» (рот, пасть) или «уртанмак» (обжигаться, хватать горячее). Вместе это могло звучать как «кожаный рот» или, в переносном смысле, «крикун», «горлодёр» — человек с громким, резким голосом или любящий поспорить.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. В русских фамилиях суффиксы -ов, -ин, -ский указывают на принадлежность («чей?»). Чемуртан лишён такого суффикса — это застывшее прозвище, перешедшее в фамилию без изменений. Такое оформление типично для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, а также для фамилий, возникших в среде казачества или переселенцев, где прозвища часто не русифицировали. Поэтому географически фамилия Чемуртан, скорее всего, тяготеет к югу России, Украине или Поволжью, где сильны тюркские языковые контакты.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с топонимом. В Крыму и в некоторых районах Казахстана есть мелкие географические объекты с корнем «чемур» (например, балка Чемурча). Если предок был выходцем из такого места, его могли прозвать «чемуртан» — житель Чемура. Однако в этом случае фамилия скорее получила бы суффикс -ский (Чемуртанский), поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Известных носителей фамилии Чемуртан в истории и культуре нет — это редкая, локальная фамилия, скорее всего, сохранившаяся в одной-двух семьях. Её носители могли быть крестьянами или казаками, получившими прозвище за характер или особенности речи. Написание фамилии устойчивое, без вариантов, что говорит о её поздней фиксации в документах — скорее всего, в XIX веке, когда прозвища уже перестали меняться и стали наследственными.