Фамилия Чемертан редкая и звучит не по-русски — это главное, что бросается в глаза. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, её происхождение, скорее всего, иноязычное, и образовалась она не от отчества, а от прозвища или географического названия.

Скорее всего, основа фамилии — тюркская. В тюркских языках слово «чемер» или «чимир» могло означать «кожевник», «скорняк» или просто «мастер по выделке кож». Суффикс «-тан» в тюркских фамилиях часто указывает на принадлежность или происхождение (сравните: Арстан, Бектан). Таким образом, Чемертан могло быть прозвищем человека, который занимался кожевенным ремеслом, или же указывало на его родовую связь с кожевниками. Есть и более редкая версия: в некоторых тюркских диалектах «чемер» — это «хмурый», «угрюмый», и прозвище могло относиться к характеру.

Географически фамилия Чемертан встречается в основном на юге России, в Поволжье и на Северном Кавказе — в тех регионах, где исторически сильны тюркские и кавказские влияния. Встречаются носители среди татар, башкир, а также у народов Дагестана. В русском контексте фамилия могла закрепиться за выходцами из этих народов или за русскими, получившими прозвище при общении с тюркоязычными соседями.

Словообразовательная модель здесь не славянская: фамилия не склоняется по падежам как типичная русская (Чемертан, Чемертану), что тоже подтверждает её иноязычное происхождение. В отличие от фамилий на -ов, которые указывали на «сына такого-то», Чемертан — это застывшее прозвище или этноним, перешедшее в фамилию без дополнительных суффиксов.

Сословно фамилия не была дворянской или купеческой — её носители, скорее всего, относились к крестьянам, ремесленникам или казакам. В документах XIX века Чемертаны встречаются в списках государственных крестьян и однодворцев южных губерний.

Если искать однокоренные фамилии, то это Чемерёв, Чемерин, Чемеркин — но все они образованы по русской модели, в то время как Чемертан сохраняет исходную тюркскую форму. Это делает фамилию ценной для историков языка: она — прямое свидетельство межэтнических контактов и заимствований имён в приграничных областях.