Фамилия Чеперис — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней слышится что-то иноязычное, и это не случайно: скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища, которое пришло в русскую среду из другого языка.

Самая вероятная версия связывает фамилию с литовским или латышским языками. В литовском есть слово čepuras — «шапка» или «колпак», а в латышском čepure — то же самое. Прозвище Чеперис (или его вариант Чепурас) могли дать человеку, который постоянно носил какой-то заметный головной убор, либо, в переносном смысле, тому, кто был «крышей», главой в каком-то деле. Суффикс -ис характерен для литовских фамилий, поэтому географически фамилия Чеперис наиболее вероятна для западных регионов России, граничивших с Литвой, или для белорусского Поозерья, где сильны балтские языковые следы.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — от польского слова czepić się (цепляться, придираться). В таком случае прозвище Чеперис могло закрепиться за придирчивым или навязчивым человеком. Однако эта гипотеза слабее: польские фамилии на -ис встречаются реже, и звучание корня не так точно совпадает с балтским «головным убором».

В русском контексте фамилия могла подвергнуться адаптации: её могли «обрусить», добавив типичный суффикс -ов, получив Чеперисов. Но исходная форма Чеперис сохранила свой первоначальный, иноязычный облик и указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, происходил из балтской языковой среды и получил прозвище по характерной детали внешности — шапке.