Фамилия Чеперин — довольно редкая, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или профессией, а не с крестильным именем. Основа «чепер» или «чепера» в русских говорах многозначна, и чтобы понять, кем был предок, нужно разобраться в диалектных значениях.

Самый прямой путь — к слову «чепе́р» или «чепе́рь», которое в ряде регионов (особенно в южных и западных говорах) означало «рукоятка», «черенок» (ножа, косы, лопаты). В таком случае прозвище Чепе́рь мог получить мастер, делавший рукояти для инструментов, или просто человек, которого выделяли по какой-то особенности — например, длинный и худой, как черенок. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Чеперин, то есть сын или потомок Чеперя.

Вторая, не менее вероятная версия — от слова «чепе́ра» или «чепёрка», которое в некоторых говорах обозначало деревянную чашку, ковш или даже небольшую лодку-долблёнку. Если предок делал или торговал такой деревянной посудой, он мог получить прозвище Чеперя. В этом случае фамилия Чеперин — ремесленная, по роду занятий.

Встречается и связь с глаголом «чеперить» — «цеплять», «задевать», «придираться». Прозвище Чеперя могло закрепиться за придирчивым, въедливым человеком, который «чеперится» ко всем. Эта версия менее распространена, но лингвистически возможна, так как в основе фамилий часто лежат не только предметы, но и черты характера.

Важно не путать Чеперина с фамилией Чепарин (от «чепа́ра» — вид одежды) или Чепелев (от «чепе́ль» — ручка, рычаг). Чеперин — самостоятельная форма с суффиксом -ин, характерным для фамилий, образованных от основ на -а/-я.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где диалектные слова с корнем «чепер-» были особенно употребительны. Сословного барьера у неё не было: так могли назвать и крестьянина, и ремесленника. Если верить генеалогическим данным, в XIX веке Чеперины встречались среди государственных крестьян, например, в Воронежской и Курской губерниях.

Таким образом, носитель фамилии Чеперин с большой долей вероятности происходит от предка, который либо делал рукояти для инструментов, либо работал с деревом (вырезал чашки, ковши), либо получил прозвище за свой цепкий, придирчивый нрав. Точное значение зависит от того, в какой местности жила семья.