Фамилия Чеберин — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не надёжнее этимологии. В подавляющем большинстве носители этой фамилии сосредоточены в Воронежской области и на востоке Украины, в бывшей Слобожанщине. Это сразу подсказывает, что корни фамилии — не из великорусских центральных губерний, а из южнорусского или украинского говора.

Самая правдоподобная версия связывает основу «чебер-» с диалектным глаголом «чеберять» — «ковылять, ходить вперевалку, неловко ступать». В воронежских и курских говорах так говорили о человеке с неуклюжей походкой. Прозвище Чеберя, а затем и фамилия Чеберин, могло закрепиться за тем, кто заметно прихрамывал или ходил, переваливаясь с ноги на ногу. Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «сын Чебери».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «чебер» — «ловкий, проворный, расторопный». В пользу этой версии говорит соседство Слобожанщины с землями, где исторически контактировали славянские и тюркские народы. Однако диалектное значение «неуклюжий» встречается чаще и точнее ложится на логику прозвищ: в русской традиции фамилии редко образовывали от положительных качеств, если те не были явно шутливыми. Прозвище «Ловкий» могло прижиться, но «Хромой» или «Косолапый» — типичнее.

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами указанного ареала. В дореволюционных метрических книгах Воронежской губернии Чеберины — это преимущественно государственные крестьяне, а не однодворцы или казаки. Это указывает на относительно позднее закрепление фамилии, уже после административных реформ XVIII века, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии по прозвищам.