Фамилия Чепухина — женская форма фамилии Чепухин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое могло звучать как Чепуха. В основе лежит слово «чепуха», которое в современном языке означает вздор, ерунду, бессмыслицу. Однако в старых говорах, особенно в северных и уральских, у этого слова были и другие значения: так могли называть мелкую щепу, стружку, сор или какой-нибудь хлам. Поэтому прозвище Чепуха могло достаться человеку не за пустую болтовню, а, например, за профессию — столяра или плотника, работающего с деревом и оставляющего после себя кучу стружки.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «чепушить» — чесать, трепать, теребить. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с растрёпанными волосами или к тому, кто постоянно суетится, «чепушит» — делает мелкую, беспокойную работу.

Словообразовательная модель типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Чепухи). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и южных областях, фамилии на -ин широко распространены в Архангельской, Вологодской, Кировской областях. География фамилии Чепухин/Чепухина это подтверждает: наибольшая концентрация носителей фиксируется именно в северных регионах России, особенно в Кировской области и Удмуртии.

Интересно, что фамилия избежала «облагораживания» — её не переделали в более благозвучную форму, как это иногда случалось с неблагозвучными прозвищами. Она сохранила прямую связь с исходным словом, что говорит о том, что в среде, где она возникла, прозвище не воспринималось как обидное или смешное. Скорее всего, оно было сугубо бытовым, описательным — по занятию или внешнему виду предка.