Фамилия Чеплухина — женская форма фамилии Чеплухин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Формант -ин указывает на принадлежность: в русской традиции так образовывались фамилии от основ, оканчивающихся на -а или -я, и означали они «чей?» — сын или дочь Чеплухи. Это типичная модель для северных и центральных областей России, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Корень фамилии — прозвище Чеплух. В говорах слово «чеплух» или «чаплух» имеет несколько значений, и здесь нет единой версии, но одна из них выглядит убедительнее других. В словаре русских народных говоров «чеплух» — это неуклюжий, неловкий человек, возможно, от глагола «чепать» (цеплять, задевать). Прозвище могли дать тому, кто постоянно задевал предметы, спотыкался или работал неаккуратно. В ономастике такая модель прозвищ по поведению — частая: Чеплух, как и Вертух, Болтух, указывает на привычку или манеру.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с ремеслом. В некоторых диалектах «чеплух» — это деревянная лопатка или черпак (сравните с «черпак»), а значит, прозвище могло закрепиться за мастером, делавшим такую утварь, или за тем, кто работал с нею, например, на мельнице или в пекарне. Однако первое значение — по характеру — встречается в источниках чаще и логичнее для прозвища, которое становилось фамилией.

Географически фамилия Чеплухины нешироко, но устойчиво представлена в центральных и поволжских регионах — в Тверской, Ярославской, Нижегородской областях. Это совпадает с ареалом бытования диалектного слова «чеплух». В переписных книгах XVII–XVIII веков такие прозвища встречаются среди крестьян и посадских людей, то есть сословно фамилия не элитарная, а народная, возникшая в среде, где прозвище легко приживалось.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Чеплугин (от «чеплуга» — черпак) и Чепурной (от «чепурной» — опрятный) — это разные корни, хотя звучат похоже. Чеплухин ближе к редкому варианту Чеплашкин, где основа — тоже «чепать». Таким образом, носительница фамилии Чеплухина может быть уверена: её предок получил прозвище либо за неловкость, либо за работу с деревянной лопаткой, и жил, скорее всего, в верховьях Волги или на Верхней Оке.