Фамилия Черепейник — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с черепом (кость), а с гончарным ремеслом. В русских говорах, особенно на юго-западе и в Белоруссии, «черепей» или «черепок» называли не битый черепок, а глиняную посуду, горшок. Соответственно, «черепейником» именовали гончара — мастера, который делал горшки, миски, корчаги. Это самое прямое и правдоподобное объяснение: фамилия образована от названия профессии через суффикс -ник, который в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, но устойчиво указывает на род занятий (ср. Скорняк, Кожемяка, Бортник).

Менее вероятная, но не исключённая версия отсылает к прозвищу по внешности — «череп» как голова, лысина или большой лоб. Однако в этом случае логичнее было бы ожидать форму Черепов или Черепанов, а не Черепейник. Суффикс -ей- в основе (череп-ей) характерен для южнорусских и украинских говоров, где так образовывали названия предметов и лиц: «черепей» — глиняный черепок, отсюда «черепейник» — тот, кто с ними работает.

По географии фамилия тяготеет к западнорусским и украинским областям. В исторических документах XVII–XVIII веков можно встретить упоминания «черепейников» как мастеровых людей в слободах и местечках Черниговщины, Полтавщины, Гомельщины. Сословно это, скорее всего, мещане или государственные крестьяне — ремесленники, а не дворяне. Встречается также вариант написания Черепейников с более привычным для русской фамилии суффиксом -ов, но исходная форма без него как раз и выдаёт прямое прозвище без переоформления в притяжательное прилагательное.

Таким образом, если вы носите фамилию Черепейник, ваш предок с высокой долей вероятности был гончаром, который обжигал и продавал глиняную посуду, а не имел отношения к костям или страшным прозвищам. Фамилия сохранила в себе старый диалектный способ называть человека по делу — кратко и без лишних суффиксов.