Фамилия Черепухин образована от прозвища Черепуха, которое восходит к аналогичному нарицательному. Черепухой называют любую посуду. Исходя из этого, можно предположить, что предок Черепухиных был гончаром. По другой, менее правдоподобной, версии, прозвище Черепуха ведет свое начало от нарицательного «череп». В этом случае возможно, что это прозвище отражало особенности внешности предка (большая голова). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черепуха, со временем получил фамилию Черепухин.