Основой фамилии Черепухина послужило мирское имя Черепуха. Мирское имя Черепуха берет начало от аналогичного существительного со значением «черепаха, черепешица, желвь». Так называют земноводное животное с костяным черепом. Давая младенцу такое имя, как Черепуха, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. На территории России распространена болотная черепах. Она обитает в центральных и южных районах европейской части России, а именно до Смоленской, Брянской, Тульской, Орловской областей, верховьев Дона, в Республике Марий-Эл, на средней Волге, в Башкирии. Не исключено, что фамилия Черепухина образована от прозвища Черепуха. Так могли назвать жену человека, носившего именование Череп. Оно берет начало от устаревшего существительного «череп» со значением «черепок». Вероятно, Черепом прозвали гончара. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Черепуха, со временем получил фамилию Черепухина.