Фамилия Черкан — редкая и с точки зрения словообразования неочевидная. Если бы она оканчивалась на -ов или -ин, вопросов бы не возникло, но суффикс -ан указывает на иную модель. В русской ономастике фамилии на -ан, -ян часто имеют южнорусское или украинское происхождение и образуются от прозвищ, реже — от тюркских корней.

Скорее всего, основа «Черк-» связана с глаголом «черкать» (резать, проводить линию, царапать) или с диалектным значением «черкать» — быстро писать, делать наброски. В таком случае Черканом могли прозвать писаря, переписчика бумаг или мастера, работавшего с резцом — например, столяра или сапожника, наносившего разметку. В северных говорах «черкан» — это ещё и короткое долото, инструмент для выборки пазов. Прозвище по инструменту — обычное дело для фамилий, образованных от названий орудий труда (Топор, Молоток, Нож).

Есть и другая версия, менее вероятная: связь с тюркским «черке» — граница, рубеж, или с этнонимом «черкес». Но фамилия Черкан, в отличие от Черкасов или Черкесов, не имеет характерного суффикса принадлежности, поэтому версия с прозвищем по занятию выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что типично для поздних прозвищных фамилий, не привязанных к одному региону. Встречается она и у русских, и у украинцев, и у белорусов — в каждом случае с ударением на второй слог (Черка́н). Известных носителей с такой фамилией в широкой истории нет, что только подтверждает её «ремесленное» происхождение: это фамилия человека, которого в своём селе знали по делу, а не по родовитости.