Фамилия Чернечер — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию почти без изменений, сохранив звучание живой речи. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, эта стоит особняком: в ней нет патронимического суффикса, указывающего на отца («чей сын?»). Она образована напрямую от прозвища Чернечер.

Корень здесь — «чернец», то есть монах, черноризец. Но двойной повтор корня — «черн-е-чер» — звучит почти как прозвище-дразнилка, характерное для северных и сибирских говоров, где любили экспрессивные, иногда ироничные именования. Второй элемент мог быть переосмыслением слова «чернец» с добавлением суффикса деятеля (-ер) по аналогии с польскими или украинскими формами (например, «чернець» — «чернечер» как «тот, кто чернец»). Или же перед нами народная этимология: прозвище могли дать человеку, который постоянно ходил в чёрном, напоминал монаха, но не был им — отсюда и шутливое удвоение.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Украине, где суффикс -ер встречается чаще (сравни: Швец — Швецер, Коваль — Ковалер). Встречается она крайне редко — в основном в единичных записях XIX века по Курской, Воронежской губерниям и в казачьих списках. Сословно предки Чернечеров, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, которые несли сторожевую службу на южных рубежах.

Примечательно, что фамилия не меняла форму: ни Чернечников, ни Чернецкий. Она застыла в том виде, в каком её дали — как личное, почти уличное прозвище. В этом её историческая ценность: Чернечер — не просто фамилия, а застывшая речевая шутка или меткая характеристика далёкого предка.