Фамилия Чёрнеькая — один из тех случаев, когда написание сразу бросается в глаза и вызывает вопросы. Мягкий знак перед окончанием -кая — редкая и нетипичная черта для русских фамилий. Скорее всего, перед нами не опечатка, а диалектное или историческое искажение, возникшее на стыке произношения и письма. В большинстве говоров русского языка сочетание «ньк» перед гласной звучит естественно, но на письме закрепилось как «ньк» (с мягким знаком), хотя нормативные фамилии образуются через суффикс -к-: Чёрная → Чёрненькая (с суффиксом -еньк-). Здесь же мы видим форму, где мягкий знак, вероятно, возник по аналогии с прилагательными вроде «сине́нькая» или под влиянием украинского или белорусского произношения, где смягчение согласных перед суффиксом -к- более последовательно.

Основа фамилии — прилагательное «чёрный». В русской ономастике фамилии на -кий/-кая обычно указывают на признак: цвет волос, кожи, одежды или даже характер. Чёрнеькая — это вариант фамилии Чёрненькая, а та, в свою очередь, происходит от прозвища Чёрненький. Такое прозвище могли дать человеку с очень тёмными волосами, смуглой кожей или, реже, с мрачным нравом. Уменьшительно-ласкательный суффикс -еньк- (здесь в виде -неьк- из-за мягкого знака) не обязательно указывал на малый рост или молодость — в северных и центральных говорах он часто выражал скорее бытовую фамильярность, чем реальную уменьшительность.

Географически фамилии с подобным искажённым написанием (с мягким знаком перед -кая) встречаются в записях XIX — начала XX века среди крестьянского населения западных губерний Российской империи — Смоленской, Могилёвской, Витебской. Там под влиянием местных говоров и белорусского языка мягкий знак мог ставить там, где его не было в литературной норме. Поэтому носители фамилии Чёрнеькая, скорее всего, имеют корни в западнорусском или белорусском регионе.

Словообразовательная модель здесь нестандартна: если бы фамилия образовывалась по правилам, мы бы имели Чёрненькая (от чёрненький) или просто Чёрная (от чёрный). Появление мягкого знака — следствие народной этимологии или неграмотности писаря, который записывал фамилию на слух. В этом смысле Чёрнеькая — живой пример того, как устная традиция побеждала письменную норму, и фамилия застыла в уникальной орфографической форме.

Сравните с однокоренными фамилиями: Чернов, Чернышёв, Чернавин, Черноусов — все они образованы от того же корня, но разными суффиксами. Чёрнеькая стоит особняком: она не патронимическая (не от имени отца), не топонимическая (не от названия места), а чисто прозвищная, но с редким суффиксом, который указывает на ласкательное или бытовое отношение. Это не дворянская и не купеческая фамилия — в сословном смысле она типично крестьянская, а её уникальное написание делает её ценной находкой для генеалога.