Фамилия Чернесцов — довольно редкая и прозрачная по происхождению. Её основа, судя по всему, связана с цветом, но не с чёрным, как можно было бы подумать, а с красным. В старом русском языке слово «чермный» (или «червлёный») означало «красный», «багряный», «рыжий». В говорах существовало и слово «чернец» в значении «красный, рыжий человек» или даже «красный бык». Таким образом, прозвище Чернец мог получить человек с рыжими волосами или румяным лицом.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Чернец» добавился суффикс принадлежности -ов, дающий ответ на вопрос «чей?». Получается «Чернецов» — сын или потомок Чернеца. Однако в вашем случае фамилия пишется через «с» — Чернесцов. Это не опечатка, а характерный диалектный или бытовой вариант. В устной речи сочетание «цс» часто упрощалось или заменялось на «с»: Чернецов произносили как Чернецов, а в документах могли записать на слух. Поэтому Чернесцов — это всего лишь фонетическая разновидность фамилии Чернецов, возникшая в среде малограмотных писцов или под влиянием местного произношения.

Вторая, менее вероятная версия, отталкивается от слова «чернец» в значении «монах». В этом случае прозвище мог получить либо сам монах, либо человек, носивший тёмную, «чернеческую» одежду. Но для фамилии Чернецов такая основа встречается реже, так как прозвища по цвету волос были более распространёнными среди крестьян, чем отсылки к монашеству.

Географически фамилия Чернецов (и её вариант Чернесцов) встречается в центральных и северных областях России, где были сильны диалектные черты. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или посадской среды — прозвища по внешним признакам давали в первую очередь простым людям, не имевшим наследственных фамилий до XIX века.