Фамилия Чернеюте — редкий пример литовского влияния на русскую ономастику. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, оканчивающихся на -ов, -ев, -ин, эта фамилия сохраняет литовский суффикс -юте (-iūtė). В литовском языке этот суффикс указывает на незамужнюю женщину, дочь: Чернеюте буквально означает «дочь (или потомок) Черняса». В Литве и в пограничных с ней регионах России (например, в Калининградской области или на юге Псковщины) такие фамилии на -юте, -ите, -айте не редкость, но для центральной России они нетипичны и сразу выдают балтские корни.

Основа фамилии — прозвище Черняс. Оно образовано от прилагательного «чёрный» с помощью суффикса -яс, который в старых русских и литовских говорах мог придавать прозвищу ласкательный или уменьшительный оттенок. Чернясом могли назвать человека с тёмными волосами, смуглой кожей или, что не менее вероятно, носившего тёмную одежду. В литовской среде это прозвище могло звучать как Černius или Černys, а при переходе в русскую среду фамилия сохранила женскую форму, что говорит о том, что в документах фамилию закрепили за женщиной или через женскую линию.

Географически фамилия Чернеюте почти не встречается за пределами бывших литовских и польских территорий. В современных базах данных носители единичны, и сосредоточены они в основном в Литве, а также в Калининградской и Псковской областях. Это не фамилия дворянского рода или купеческой династии — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, жившими на стыке двух культур. Словообразовательная модель здесь важнее, чем значение корня: именно суффикс -юте делает фамилию уникальной для русского уха и указывает на её литовское происхождение.