Фамилия Черниченкина — женская форма, а её мужской вариант — Черниченкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Черничка, которое, в свою очередь, образовано от слова «черный». Однако не всё так прямолинейно: «черный» в русских прозвищах редко указывало на цвет волос или кожи. Чаще так называли человека, занятого «черной», то есть физической, грязной работой, либо крестьянина, несущего тяглое (податное) бремя. В северных и сибирских говорах «чернью» называли также лесных людей, охотников-промысловиков, живших в глухой тайге.

Интересна модель образования. Суффикс -енк- (в форме Черниченк-ин) указывает на западнорусское, украинское или белорусское происхождение. В этих регионах фамилии на -енко (Черниченко) были распространены повсеместно, а при переходе в великорусскую среду фамилия могла обрасти дополнительным суффиксом -ин, указывающим на принадлежность к роду: «чей?» — Черниченкин, то есть сын или дочь Черниченко. Таким образом, фамилия прошла двойную адаптацию: сначала малороссийское прозвище Черничка оформилось в отчество Черниченко («сын Чернички»), а затем, при переселении носителей на север или восток, к нему добавили русский притяжательный суффикс -ин.

Географически фамилия Черниченкина редкая. Она встречается в Курской, Белгородской и Воронежской областях — зонах исторического смешения русских и украинских говоров, а также у потомков переселенцев в Сибири. В дореволюционных метрических книгах её носители чаще всего записаны как государственные или однодворческие крестьяне — особая категория, занимавшая промежуточное положение между крестьянством и мелкопоместным дворянством.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «черничка» — так в некоторых областях называли чернику. В этом случае прозвище мог получить сборщик ягод или человек, живший у черничного болота. Но ономастика обычно отдаёт предпочтение социальному значению цвета, а не ботаническому.

Однокоренные фамилии — Черниченко (самая частая форма), Черничкин, Черняков, Чернышов. Все они восходят к одному корню, но Черниченкина выделяется редкой словообразовательной цепочкой, сохранившей следы миграции и языкового контакта двух восточнославянских традиций.