Фамилия Черниенков — одна из тех, что ставят перед исследователем сразу несколько вопросов, и главный из них: что в основе — цвет или географическое название? Очевидная ассоциация с прилагательным «чёрный» здесь не единственная и, возможно, не самая точная.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -енков, характерный для южнорусских и украинских фамилий. Это патроним, образованный от прозвища или имени Черниенко: «чей сын?» — Черниенков. Корень «черн-» может отсылать к внешности (черноволосый, смуглый человек), но в южных говорах «чернец» — это не только монах, но и бортник, человек, добывающий дикий мёд. Версия с бортничеством выглядит правдоподобной для территорий современной Украины и юга России, где лесное пчеловодство было распространённым промыслом.

Однако есть и другой, менее очевидный, но более конкретный след. Фамилия Черниенков может быть топонимической — от названия села или хутора Черниенко (например, в бывшей Черниговской губернии). В таком случае предок получил фамилию не по цвету волос, а по месту, откуда пришёл или где жил. Ономаст Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий не выделяет Черниенкова отдельно, но относит подобные формы на -енко к разряду типично украинских, которые при миграции на север и восток обрастали русским суффиксом -ов.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казачья. В реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков встречаются прозвища от «чернец» и «черный», но именно форма Черниенко фиксируется в метрических книгах Харьковской и Екатеринославской губерний. В XIX веке носители фамилии Черниенковы расселились по Слобожанщине и Дону, где и закрепился русский суффикс.

Таким образом, Черниенков — это «внук» человека по прозвищу Черниенко. А кем был тот самый пращур — чернявым бортником, монахом или выходцем из Черниговщины, — без документов решить трудно, но все три версии имеют под собой реальную основу.