Фамилия Чернилина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от основы через суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Чернилин — «сын Чернилы» или «человек из рода Чернилы». Исходное имя или прозвище Чернила — вот ключ к происхождению.

Что означало слово «чернила» в древнерусском быту? Прямое значение — красящая жидкость для письма. Но прозвище Чернила вряд ли давали грамотею или писарю. Скорее всего, оно носило ироничный или внешний характер: так могли назвать человека с тёмной, «чернильной» кожей, смуглого, либо того, кто постоянно пачкался в чём-то чёрном — например, сажей или той же краской. В говорах слово «чернила» иногда означало «чернокожий», «смуглый». Есть и другая версия: в некоторых регионах «чернилой» называли чертёжника, маляра или даже сапожника, использовавшего чёрный вар. Но она менее вероятна — прозвища по профессии чаще образовывались через суффиксы -ник, -арь.

Интересная деталь: фамилия Чернилин встречается заметно реже, чем однокоренные Чернов, Чернышов, Черняев. Это говорит о том, что прозвище Чернила было локальным, возможно, бытовало в северных и центральных губерниях России. В переписных книгах XVII века по Вологодчине и Костромскому краю изредка фиксируются крестьяне и посадские люди с таким именованием. Суффикс -ин в этой фамилии — типично русский, без тени украинского или белорусского влияния (там чаще было бы Черниленко или Чернильский). Социальный состав носителей — в основном крестьянство и мещанство, дворянских родов Чернилиных не отмечено. Так что, скорее всего, предок современного носителя фамилии был простым человеком, которого за глаза дразнили Чернилой за смуглоту или неопрятный вид.