Фамилия Чернилин — наглядный пример того, как прозвище, данное по занятию, закрепилось в родовом имени. Её основа — слово «чернила». В старину чернильщиками или чернилами называли людей, чья работа была связана с изготовлением или продажей чернил: писарей, подьячих, а также торговцев канцелярскими товарами. Так что предок Чернилиных, скорее всего, имел прямое отношение к письменному делу — не обязательно был грамотным, но мог, например, варить чернила из сажи и камеди или разносить их по присутственным местам.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — чернилин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Чернила. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от названий профессий и прозвищ на -а, -я. Менее вероятна, но не исключена версия, что в основе лежит не профессия, а внешняя особенность — очень тёмные, «чернильные» волосы или глаза. Однако в русской ономастике прозвища по цвету волос чаще давались через прилагательные (Чернов, Черняев), а «Чернила» — это именно предметная метафора, почти всегда связанная с ремеслом.

Фамилия редкая, не входит в списки самых распространённых. Встречается в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает её происхождение от канцелярских служителей — именно в этих регионах в XVII–XIX веках была густая сеть приказных изб и вотчинных контор. По сословной принадлежности Чернилины могли быть как из мещан и купцов, так и из крестьян, но в любом случае их предок имел дело с грамотой — а это уже выделяло его на фоне основной массы неграмотного населения.

Сравните с однокоренными фамилиями: Чернильников (от «чернильник» — продавец чернильниц), Черничкин (от «черничка» — ягода, но это уже другая семантика). Чернилин стоит особняком: он прямо указывает на продукт, а не на ёмкость или растение, и потому звучит как прямое прозвище мастера-чернильщика.