Фамилия Чернионная — редкая и нестандартная по своему строению, что сразу привлекает внимание. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев или -ин, здесь мы видим окончание -ая, которое характерно для полных прилагательных. Такая модель (Чернионн + ая) указывает на то, что фамилия могла быть искусственной, книжной или семинарской, а не крестьянской по происхождению. В среде духовенства в XVIII–XIX веках было принято давать ученикам фамилии, образованные от латинских или греческих корней, и Чернионная может быть одной из них.

Основа «черн-» прозрачно отсылает к чёрному цвету, но суффикс -ионн- здесь необычен для русского языка. Вероятнее всего, это русификация латинского слова «nigrum» (чёрный) через форму «niger» — «черный». В таком случае фамилия могла быть образована по аналогии с латинскими прилагательными на -ianus или -ionus, что дало бы значение «чёрная», «относящаяся к чёрному». Семинаристы нередко получали фамилии по цвету волос, кожи или одежды, но в форме прилагательного женского рода фамилия Чернионная почти наверняка закрепилась за женщиной, а мужской вариант мог звучать как Чернионный.

Есть и другая, менее правдоподобная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища «Чернион», которое, в свою очередь, связано с диалектным словом «чернить» (клеветать, порочить) или с названием чернил. Однако суффикс -ионн- в русских прозвищах практически не встречается, поэтому версия о книжном, латинском происхождении выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Поиск по открытым базам данных показывает единичные случаи в центральных регионах России, что подтверждает её искусственный характер. Скорее всего, предки носительницы фамилии были выходцами из духовного сословия — священниками или дьячками, получившими эту фамилию при поступлении в семинарию. Если рассматривать географию, то такие фамилии чаще всего фиксировались в епархиях, где было сильно влияние латинского языка (например, в Киевской или Московской духовных академиях).

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чернов, Черных, Чернавин — показывает, что Чернионная стоит особняком: она не вписывается в народную модель образования, а значит, её носители могут с большой вероятностью проследить свою родословную до церковной среды XVIII–XIX веков. Для этимолога эта фамилия — яркий пример того, как искусственное словообразование создавало уникальные, почти штучные фамилии, не имеющие аналогов в крестьянской среде.