Фамилия Черногаев образована от прозвища Черногай, которое восходит к двум словам: «черный» и «гай». Вероятно, первая часть прозвища указывала не неопрятность его носителя. Вторая же составляющая образовалось из нарицательного «гай», что означает «шум, крик». Скорее всего, такое прозвище мог получить громкоголосый, скандальный, шумный человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черногай, со временем получил фамилию Черногаев.