Фамилия Черногаева образована от прозвища Черногай, которое восходит к двум словам: «черный» и «гай». Вторая основа ведет свое начало от западнославянского слова «гай» - так называют небольшой лиственный лес. Поэтому возможно, что прозвище Черногай получил человек, живший в лесистой местности. Кроме того, вторая составляющая прозвища могла восходит к нарицательному «гай», которое означает «шум, крик». В этом случае такое прозвище мог получить громкоголосый, шумный человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черногай, со временем получил фамилию Черногаева.