Фамилия Чернокнижных стоит в ряду так называемых «семейных прозвищ» — образований, застывших в форме родительного падежа множественного числа с окончанием -их/-ых. В русской ономастике такие фамилии типичны для северных и северо-восточных регионов (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии), а также для Сибири. Они отвечали на вопрос «чьи?» и обозначали принадлежность целому роду: Чернокнижных — «из дома Чернокнижных», «те, чей предок Чернокнижный».

Основа фамилии — сложное слово «чернокнижный». В древнерусском языке «черными книгами» называли сборники заклинаний, гаданий и рецептов, связанных с народной магией, — отсюда и «чернокнижие» как синоним колдовства. Прозвище Чернокнижный могли дать человеку, который слыл знахарем, ворожеем или просто держал подозрительные книги. В крестьянской среде такое прозвище не всегда было обвинением в сговоре с нечистой силой: часто его получали грамотеи, умевшие лечить травами или читать молитвы наоборот, — народная молва легко смешивала учёность с колдовством.

Важно различать прямое и переносное значение. В документах XVI–XVII веков «чернокнижниками» называли не только практикующих магов, но и переписчиков апокрифов, а иногда — просто хитрых и недоверчивых людей. Поэтому предок носителя фамилии мог быть как деревенским знахарем, так и книжником-старообрядцем, хранившим запрещённые тексты. Второй вариант даже правдоподобнее: фамилии на -их/-ых часто возникали в среде старообрядцев, которые селились обособленно и дорожили родовой памятью.

Фамилия Чернокнижных — редкая и нечастотная. Она почти не встречается за пределами России, что говорит о её позднем закреплении (вероятно, не раньше XVIII века, когда прозвища начали массово превращаться в наследственные фамилии). Среди однокоренных — более распространённая Чернокнижников (с суффиксом -ов, указывающим на единичного предка), а также Чернокнижин. Форма на -ых осталась архаичной и сохранила связь с конкретной местностью, где её не вытеснила стандартная модель на -ов.