Фамилия Чернокнижнаяя — редкий и яркий пример, в котором сразу видна основа: «чернокниж(н)». В старину чернокнижником называли человека, занимающегося чёрной магией, колдовством, знающего «чёрные книги» — сборники запретных, нецерковных знаний. Прозвище Чернокнижник давали либо тому, кого подозревали в колдовстве, либо тому, кто действительно лечил заговорами, ворожил или считался знахарем. В народном сознании грань между знахарством и колдовством была зыбкой, поэтому прозвище могло закрепиться и за деревенским ведуном, и за отшельником, и за человеком с необычными, пугающими способностями.

Сама фамилия образована по модели «прозвище + суффикс -н- + окончание -ая», что типично для русских фамилий, особенно в южных и центральных регионах, где распространены формы на -ой, -ая, -ий. Удвоенная «я» на конце — орфографическая аномалия: в нормативном русском языке фамилия писалась бы как Чернокнижная. Двойное «я» могло возникнуть из-за ошибки переписчика, диалектного произношения (с усилением окончания) или при записи в документах, где писарь механически повторил букву. В любом случае, такое написание делает фамилию крайне редкой и легко опознаваемой.

С точки зрения словообразования, фамилия относится к адъективному типу (отвечает на вопрос «чей?» или «какой?»), то есть первоначально означала «(дочь, жена) Чернокнижника». В крестьянской среде такие фамилии часто давали по отцу или по прозвищу главы семьи, не меняя окончания по родам. Носительница фамилии Чернокнижнаяя — почти наверняка женщина, потому что мужской вариант, если он существовал, звучал бы как Чернокнижный или Чернокнижников.

Географически фамилия могла закрепиться в тех областях, где были сильны народные верования и сохранялась память о колдунах и знахарях: например, в Поволжье, на Русском Севере или в Сибири. Однако из-за редкости точная привязка затруднена. В дореволюционных списках фамилия почти не встречается — возможно, её носители сознательно меняли или сокращали такое «говорящее» прозвище, чтобы избежать подозрений в колдовстве. В советское время, с уходом религиозных и магических коннотаций, фамилия могла сохраниться как редкая семейная реликвия.

Сравните с однокоренными фамилиями: Чернокнижников (более распространённая, с суффиксом -ов), Чернокнижский (с книжным оттенком), а также с прозвищами вроде Чернокнига. Все они указывают на одну и ту же основу, но Чернокнижнаяя стоит особняком из-за нестандартного окончания. Если вы встретили эту фамилию в современном документе или архиве, скорее всего, перед вами потомок семьи, где прозвище передавалось по женской линии или было записано с ошибкой, ставшей нормой.