Фамилия Чернокнижний — одна из тех, что сразу выдают прозвище, лёгшее в основу. В ней нет суффикса принадлежности (-ов, -ин), типичного для большинства русских фамилий. Перед нами адъективная форма, то есть фамилия-прилагательное, отвечающая на вопрос «чей?» или «какой?»: Чернокнижний — то есть «относящийся к чернокнижию», «чернокнижный». Такая модель образования встречается реже, чем патронимическая (по отцу), и часто указывает на прозвище, данное по занятию или характерной черте.

Корень здесь прозрачен: «чёрная книга». В народной культуре чернокнижником называли колдуна, знахаря, человека, который использует запретные, «тёмные» знания. Важно понимать: в XVI–XVII веках «чернокнижием» нередко называли любое книжное знание, недоступное простому крестьянину, — от астрологии до переписывания старинных рукописей. Поэтому предок-Чернокнижний мог быть не столько злым колдуном из сказок, сколько грамотеем, которого подозревали в связи с нечистой силой из-за его образованности.

Словообразовательный суффикс -ий (в полной форме мужского рода) указывает на притяжательность. Такие фамилии (Земский, Дворянский, Рыбный) обычно закреплялись за людьми, чьё прозвище было хорошо известно в округе, или давались в семинарской среде. В случае Чернокнижнего возможна и искусственная, «книжная» этимология: фамилию могли дать в духовном училище будущему священнику в назидание или как намёк на его фамильное прозвище.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном на юге России и в Малороссии, где прозвища, образованные от занятий, дольше сохранялись в качестве фамилий. В отличие от фамилий на -ов (Чернокнижников), форма Чернокнижний — более старая, она не прошла стадию «чей сын?», а застыла как прямое прозвище. Если ваш предок носил такую фамилию, он, скорее всего, был либо сельским знахарем, либо грамотеем, чьи познания пугали соседей.