Фамилия Чернокнижников — одна из тех, что выдают профессию предка с головой. Она не таит загадочных корней и не связана с географическим названием. Всё прозрачно: «чернокнижник» — так в старину называли человека, сведущего в «чёрных книгах», то есть в колдовстве, ворожбе, тайных знаниях, которые церковь считала греховными. Суффикс -ов- типичен для русских фамилий: он указывает на принадлежность — «сын чернокнижника» или «из семьи чернокнижника».

Интересно, что прозвище «Чернокнижник» не обязательно носило откровенно ругательный оттенок. В крестьянской и посадской среде к знахарям и колдунам относились двойственно: их боялись, но и обращались к ним за помощью — вылечить скотину, снять порчу, найти пропажу. Поэтому человек с таким прозвищем мог быть вполне уважаемым, хоть и с опаской. В официальных документах, вроде переписных книг, такие прозвища фиксировали как данность, не вкладывая в них судебного смысла — если только носитель не попадался на деле о колдовстве.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду с другими «профессионально-матическими»: Знахарёв, Ворожейкин, Кудесников. Но Чернокнижников выделяется конкретностью — «чёрная книга» как атрибут колдовства. В русских говорах слово «чернокнижник» закрепилось именно за тем, кто учится магии по книгам, а не по устной традиции. Это указывает на некоторую книжность, грамотность предка — редкое качество для простолюдина XVII–XVIII веков.

Географически фамилия не привязана к одной области. Она встречается и в центральных губерниях, и на Русском Севере, и в Сибири — всюду, где оседали переселенцы. Но наиболее ранние фиксации, по косвенным данным, относятся к южнорусским землям, где колдовские процессы были частым явлением в XVII веке. Впрочем, документальных подтверждений, что конкретный Чернокнижников был осуждён за чародейство, нет — фамилия могла закрепиться и как прозвище без последствий.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Чернокни́жников. Вариант с ударением на третий слог (Чернокнижни́ков) встречается реже и может быть местной особенностью. В быту фамилию иногда сокращали до Чернокни́жников, но официально она сохранила полную форму.

Человек с такой фамилией сегодня редко задумывается о её мистическом подтексте. Но для историка она — прямое свидетельство того, что предок занимался делом, которое ставило его на границу между миром обычных людей и миром тайных сил.