Фамилия Чернопатина — редкий пример, где прозвище образовано не от очевидного «чёрный + путь», а от более конкретного и узкого слова «чернопат». В русских говорах «чернопат» или «чернопатка» называли человека с чёрными, смуглыми щеками (пать — щека). Это не цвет волос и не общая смуглость, а именно выделяющаяся тёмная кожа на лице, возможно, следствие ожога, болезни или природной особенности. Такие прозвища давали метко и без обидного оттенка — просто как отличительный признак.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чернопатина — дочь или жена Чернопата. Форма на -а типична для женского варианта фамилии, мужской — Чернопати́н. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Чернопати́н, хотя в бытовой речи возможны колебания.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям, где диалектное слово «пать» (щека) было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретной деревне или семье. В переписных книгах XVII–XVIII веков подобные фамилии на -ин от прозвищ с тёмным цветом (Чернощёкин, Черноликов) фиксируются именно в чернозёмных губерниях.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чернощёкин, Черноликов — подтверждает логику: везде основа указывает на часть лица. У Чернопатиной же корень сужен до щеки, что делает её одной из самых точечных по смыслу. Никакой связи с «пат» как «путь» или «дорога» здесь нет — это ложная этимология, возникающая из-за созвучия. В ономастике такое случается часто, но в данном случае диалектное значение надёжно перекрывает другие версии.