Фамилия Черношеин — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, сохранило не только корень, но и почти всю свою первоначальную форму. В отличие от большинства фамилий на «-ин», образованных от имён или профессий (Петров, Кузнецов), здесь мы имеем дело с прямым описанием внешности предка. Основа — «черношей»: человек с чёрной шеей. Речь не обязательно о грязной или смуглой коже. В крестьянской среде так могли прозвать того, кто много работал под открытым солнцем, — шея и плечи выгорали и темнели быстрее остального тела. Либо это был человек с заметной родинкой или тёмным волосяным покровом на шее.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Черношеин. Типичная модель для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище отца переходило к детям в притяжательной форме. Фамилия не дворянская и не искусственная — она из народной среды, где прозвища давали метко и без лести.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается за пределами России. В современных базах данных она локализована в основном в центральных и южных регионах — Тамбовская, Воронежская, Ростовская области. Это совпадает с зонами, где было развито земледелие и работа в поле требовала долгого пребывания на солнце. Встречаются также варианты написания «Черношейкин» — с увеличительным суффиксом, но Черношеин остаётся основным.

Искать в этой фамилии татарские или финно-угорские корни не приходится: она чисто русская по словообразованию и семантике. Прозвище могло закрепиться за одним человеком в селе, и если он не переезжал, фамилия так и оставалась локальной. Черношеины — потомки того самого «черношея», о котором сегодня мы знаем только по этой фамильной метке.