Фамилия Черношейкин образована от прозвища Черношейка. Оно ведет свое начало от словосочетания «черная шея». Вероятно, прозвище либо содержало указание на особенности внешности основателя фамилии (темная кожа), либо на род деятельности предка (трубочист, дегтярь, чернорабочий). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черношейка, со временем получил фамилию Черношейкин.