Фамилия Черновойтов — одна из тех, где на стыке двух корней рождается неожиданный смысл. Она составная: первая часть «черн-» (от слова «чёрный»), вторая — «войт». Войт — это историческая должность, хорошо знакомая на западнорусских, украинских и польских землях. Войтом называли сельского старосту, выборного главу общины, а в городах на магдебургском праве — назначаемого судью или управляющего. В Речи Посполитой войт сочетал административные и судебные функции.

По самой прямой версии, Черновойтов — это потомок «чёрного войта». «Чёрным» в прозвищах нередко называли человека за смуглую кожу, тёмные волосы или за принадлежность к простому, «чёрному» (податному) сословию в отличие от «белого» духовенства или привилегированных слоёв. Так могли прозвать войта, который происходил из крестьян, или того, кто носил тёмную одежду и выделялся внешностью.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели на -ов, то есть «сын Черновойта». Её география тяготеет к западу: она встречается среди потомков украинских и белорусских казаков, а также в среде староверов, уходивших на юг и восток. В документах XVII–XVIII веков на территории Гетманщины и Слобожанщины фиксировались прозвища вроде «Чорновойт» — это указывает на то, что прозвище было живым и описательным, а не книжным.

Спорная версия — связь с литовским или польским словом «wojt» (солтыс, староста) без привязки к цвету, а «черно» как указание на «чёрную работу» или «чёрный люд». Но она слабее: прозвище «Чёрный войт» логичнее объясняет, почему должностное лицо получило такой уточняющий эпитет — чтобы отличить его от других войтов в округе.

В современном бытовании фамилия редкая, но не исчезающая. Её носители живут в России, на Украине и в Беларуси. С точки зрения ономастики, это яркий пример «говорящей» фамилии, где социальный статус предка и его внешняя характеристика слились в одном слове.