Фамилия Чернозатонский — редкий случай, когда географическая основа читается почти буквально. Она образована от названия населённого пункта вроде Чёрный Затон или Чернозатонский. «Затон» — это речной залив, заводь, тихая гавань, защищённая от течения. Если вода в таком месте казалась тёмной из-за глубины, торфяного дна или густой тени деревьев, поселение получало имя Чёрный Затон. Человек, переехавший оттуда, становился Чернозатонским — носителем топонимической фамилии на -ский, типичной для дворянства и духовенства, но встречавшейся и у крестьян, записанных по месту жительства.

Суффикс -ск- указывает на связь с местом, а не с отцом или профессией. В русской ономастике фамилии на -ский часто давали выходцам из сёл и городов, особенно в западных и южных губерниях, где польская традиция смешивалась с русской. Чернозатонский мог появиться и в семинарской среде: священникам нередко меняли фамилию на благозвучную, образованную от названия прихода или села. Если в приходе был храм у Чёрного затона, выпускник семинарии легко получал такую фамилию при рукоположении.

Двойная основа «черно-» и «затон» не оставляет простора для альтернативных толкований. В отличие от фамилий вроде Чернов, где корень может относиться к цвету волос или кожи, здесь привязка к ландшафту прямая. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и югу России — регионам с развитой речной сетью, где затоны были обычным ориентиром. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, носители ведут род из одного или двух сёл с похожим названием.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Черноозёрский, Чернореченский или Затонский подтверждает модель: все они указывают на конкретный природный объект. Чернозатонский — не исключение, а лишь более детализированный вариант. В дореволюционных записях такую фамилию могли носить мещане или однодворцы, но точных данных о сословной принадлежности без генеалогического поиска нет. Главное, что она точно говорит о предке: он жил у тёмной заводи на реке.