Фамилия Черножуков образована от прозвища Черножук. Оно ведет свое начало от словосочетания «черный жук». Давая младенцу такое прозвище, как Черножук, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Кроме того, слово «жук» в старину имело значение «ловкий, хитрый человек», «небольшое выпуклое металлическое украшение для переплетов древних книг, конской упряжи», «полоска закладной оконной рамы», «чернорабочий», «похлебка с мясом». В таком случае прозвище Черножук либо содержало указание на род особенности характера и поведение основателя фамилии, либо на род деятельности предка (кузнец, плотник, разнорабочий, повар). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черножук, со временем получил фамилию Черножуков.