Фамилия Черняйкин — один из ярких примеров «домашнего» прозвища, которое закрепилось в качестве фамильного имени. Её основа — прилагательное «чёрный», но не в прямом, цветовом значении. В русских говорах «черняй» или «черняк» — это человек с очень тёмными волосами, смуглой кожей или просто тот, кто ходит в чёрной, некрашеной одежде. Однако чаще всего так называли крестьянина, платившего подати «чёрному» (то есть государственному, не частновладельческому) тяглу. «Черняй» — это простой, незнатный человек, черносошный крестьянин.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Черняйкин буквально означает «сын Черняя» или «из семьи Черняя». В русской ономастике суффикс -ин и его вариант -кин характерны для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я (ср. Пушкин от Пушка, Репин от Репа). Здесь основа «Черняй» (разговорная форма прозвища) дала естественное притяжательное прилагательное. Это типичная модель для центральной России и Поволжья, где такие фамилии массово возникали в среде государственных крестьян.

Географически фамилия Черняйкин тяготеет к юго-восточным регионам: она встречается в Тамбовской, Рязанской, Пензенской областях и на территории бывшей Тамбовской губернии. Это не случайно: именно там в XVII–XVIII веках активно формировались слободы и сёла черносошных крестьян, которым давали уличные прозвища по внешности или социальному статусу. Сословно носители фамилии почти наверняка были крестьянами, реже — однодворцами (особой категорией служилых людей, живших на южных рубежах).

Любопытно, что фамилия Черняйкин не имеет ничего общего с украинским или белорусским «черняк» — в тех языках суффикс -кин встречается редко, и там форма была бы Черняк или Черняченко. Русский вариант с -кин — верный признак северно- или среднерусского происхождения. Таким образом, предки современного Черняйкина — скорее всего, темноволосый крестьянин из-под Тамбова или Рязани, которого в деревне знали как «Черняй», а его детей и внуков уже записали как Черняйкиных.