Фамилия Черткоева — женская форма фамилии Черткоев, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Черткой. В основе лежит корень «черт-», который сразу вызывает ассоциации с нечистой силой, но в русской ономастике такие прозвища нередко имели обережный или ироничный смысл. Родители могли назвать ребёнка Черткоем, чтобы «отвести» от него злых духов: считалось, что если дать «плохое» имя, бесы не тронут ребёнка, приняв его за своего. Другая версия — прозвище дали взрослому за озорной, неуёмный или хитрый нрав, сравнивая с бесом.

Словообразовательная модель здесь — суффикс -ев-, указывающий на принадлежность: Черткоев буквально означает «сын Черткоя». Суффикс -ев- в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -й или мягкий согласный. Сама основа «Черткой» — это краткая форма от имени Чертко, образованная с помощью типичного для прозвищ суффикса -ой (как Толстой, Кривой). Фамилия не относится к самым распространённым, её география тяготеет к южнорусским и казачьим регионам, где такие «обережные» прозвища бытовали особенно часто.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Черткоев стоит в одном ряду с Чертковым, Чертковскими и Чертоками. Разница в суффиксах отражает разные диалектные или социальные пути образования: -ов- более массовый и общерусский, -ев- — более редкий, указывающий на мягкую основу. В случае Черткоева основа «Черткой» дала именно суффикс -ев-, что может говорить о севернорусском или, наоборот, южнорусском влиянии, где «ой» переходило в «ей» и давало такую форму.

Сословная принадлежность предков Черткоевых, скорее всего, была крестьянской или казачьей — фамилия не встречается в старых дворянских родословных книгах. Встречаемость фамилии в современных справочниках невысока, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических поисков. В целом, носительница фамилии Черткоева может с уверенностью говорить, что её предок носил прозвище, которое в древности служило не проклятием, а защитой.